Die großen Glasfenster der drei Apsiden nehmen in besonderer Weise auf die Widmung als Kaiser-Jubiläumskirche Bezug. Sie bilden einen geschlossenen Zyklus zur so genannten Kreuzesfrömmigkeit im Rahmen der habsburgischen Pietas Austriaca. Folgende Szenen sind dargestellt: Kreuzweg, Kreuzabnahme, Kreuzauffindung, symbolisiert durch den hl. Makarius und die hl. Helena, die Kreuzesvision des Kaisers Konstantin, König Stephan von Ungarn, die Vereidigung der Kurfürsten auf das Kreuz durch Rudolf von...